廢水生化處理的調試主要是在微生物培養的基礎上進行的，根據微生物的好氧條件可分為好氧處理、同步好氧處理和厭氧處理，根據微生物的生長形態可分為活性污泥法和生物膜法。根據廢水和微生物的形態，可分為完全混合型、序批式等，而反應器的形式又可分為更多的類型。
1、溫度
溫度在生化培養過程中起著重要的作用。各個生化反應系統和各個運行階段的溫度的測量和分析仍然對生化污泥的馴化和培養過程起著指導作用，并幫助管理者和運營者對系統的運行和管理做出正確而及時的判斷。
溫度極大地影響活性污泥中的微生物活性程度(包括厭氧、兼性和好氧)以及諸如溶解氧、通氣等的影響，同時影響生化反應的速率。不同類型的微生物在不同的溫度范圍內生長。根據微生物適應的溫度范圍，微生物可分為三類：中溫、高熱、高寒。中溫微生物的生長溫度為20～45℃，低溫好微生物在20℃以下，高溫好微生物在45℃以上。
一般廢水處理中主要是中等溫度的細菌進行生物需氧生物處理，生長和繁殖的最佳溫度為20℃~37℃。當溫度超過最高生物生長溫度時，會迅速使微生物的蛋白質變性，破壞酶系統，失去活性。在嚴重的情況下，微生物會死亡。低溫會降低微生物的代謝活性，進而停止生長繁殖，但仍保存其生命力。厭氧生物處理中溫甲烷細菌的最佳溫度范圍在20℃至40℃之間，高溫為50℃~60℃。厭氧生物處理通常使用33℃~38℃和50℃~57℃的溫度。
2、pH值
不同的微生物具有不同的pH適應范圍。例如，細菌、放線菌、藻類和原生動物的pH值從4到10不等。大多數細菌適合于中性和堿性環境(pH6.5至8.5)，硫化物氧化劑喜歡生活在最適pH值為3的酸性環境中，也可以生活在pH值為1.5的環境中。大多數細菌適合于中性和堿性環境(pH6.5~7.5)。酵母和霉菌需要生活在酸性或酸性環境中。最適pH值為3.0和6.0，最適pH值為1.5~10。
在廢水生物處理過程中，維持最佳pH值范圍是非常重要的。采用活性污泥法處理廢水，當曝氣池中混合物的pH值達到9.0時，原生動物由活性變為停滯，細菌膠束的粘性物質解體，活性污泥的結構遭到破壞，處理效率明顯下降。當進水pH值突然降低時，曝氣池混合液呈酸性，活性污泥結構發生變化，二沉池中出現大量浮泥。
成熟的生物系統具有很強的抵抗沖擊負荷的能力，但如果pH值在很大范圍內變化，將影響反應堆的效率，甚至對微生物造成毒性，導致反應堆失效因為pH值。這種變化可能導致細胞電荷的變化，進而影響微生物對營養物質的吸收和微生物代謝中酶的活性。
